Certo dia, alienígenas extradimensionais denominados Novas invadiram a Terra e se transformaram na maior ameaça da humanidade. Para combatê-los, foram selecionadas garotas, que tiveram implantado em
seus corpos o Stigmata – células processadas do tecido biológico dos Novas.

Com esse artifício, elas adquiriram habilidades sobre-humanas e a capacidade de utilizar armas especiais: as Volt Textures. Agora chamadas de Pandoras, elas formam duplas com garotos mais novos, os Limiters,
para defenderem o planeta contra os invasores.
É neste mundo que vive Kazuya Aoi, irmão da lendária Pandora Kazuha, que morreu durante uma intensa batalha contra os Nova. Decidido a seguir a missão de sua irmã, Kazuya matricula-se na Academia Genetics, a escola de táticas especiais antisseres extradimensionais.

Logo em seu primeiro dia, Kazuya conhece Satellizer el Bridget, uma Pandora problemática, mas muito semelhante à sua irmã Kazuha. Depois de alguns desentendimentos, o garoto descobre que Satellizer é
temida por toda a escola, e que constantemente entra em atrito com as alunas veteranas. Além disso, o maior problema da garota é sofrer de afefobia – o medo exagerado de ser tocada por alguém – o que a
torna incapaz de ter um Limiter.

Determinado a ajudá-la, Kazuya tenta a todo custo ser o Limiter de Satellizer. Mas como ele irá acabar com os traumas da garota?